Bujinkan traditionen indeholder ni Ryu-ha eller skoler, hver med deres række af stormestre. Da skolerne er gamle og flere rækker helt tilbage til etableringen af Ryu-ha, tæller det et stort antal stormestre. At redegøre for alle Soke linjerne her vil være uoverskueligt. Nedenfor er beskrevet den nuværende Soke, samt to generationer tilbage, samt en forklaring på de termer anvendt i beskrivelserne af storemestrene.
Ryu-haen er en skole eller tradition, der bliver videregivet med sin viden og kundskaber fra generation til generation. Ryu-haen går i arv til en ny stormester, som benævnes Soke, og kan oversættes til familieoverhoved. Denne har det suveræne lederskab, og er den ansvarlige for at Ryu-haen føres videre. Foruden Soke linien kan der i en Ryu-ha være en instruktørlinje sideløbende. Instruktørerne kaldes Shihan-ke, og har ofte ansvaret for den daglige træning. En dygtig Budoka (elev) kan opnå at få Menkyo kaiden i en Ryu-ha. Menkyo kaiden er det højst opnåelige licens, og giver som regel ret til at undervise og oprette sin egen dojo.
I historisk perspektiv opstod Ryu-ha skolerne som følge af den lange borgerkrigsperiode i Japan. Da den døde ud begyndte Ryu-haerne også en naturlig udfasning. Samtidig vendte Japan sig mod vestlig militær strategi, og det betød for alvor at skolerne blev overflødige. Officielt sluttede samuraitiden og dermed anvendelsen af Ryu-ha i året 1886. Denne indsnævring af interesse for skolerne, samt personer som var i stand til at videreføre dem, betød at flere og flere skoler kom under samme Soke. En tendens som stadig ses hos mange af de Ryu-ha som har overlevet til i dag.